黄原：陕西师范大学教授，主要从事昆虫的分子进化和分子系统学、线粒体基因组学、比较及进化基因组学等方向的研究。陕西科技进步一等奖获得者。

　　分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。《分子系统发生学》全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。《分子系统发生学》由18章组成，可以归纳为五大部分：第一部分包括第1～3章，分别介绍了系统发生和系统树的基本知识；第二部分包括第4～7章，是分子系统发生分析的基础，其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学基础，第6章是数据集系统发生信号评估，第7章讨论了分子进化模型及模型选择原理与方法；第三部分中的第8～12章是各种系统发生分析方法，分别就目前主要的系统发生分析方法（距离矩阵法、简约法、**似然法、贝叶斯推论法和系统发生网络法等）从原理、软件操作、应用及局限性等方面进行了详细的介绍，第13章讨论了系统发生假设检验的原理和方法，第14章讨论了系统发生分析可靠性与影响因素；第四部分主要涉及各类数据集分析策略，其中第15章总结了不同类型数据的分析策略，第16章对复杂数据系统发生的分析策略与方法进行了详细地介绍，第17章是多基因数据分析策略和方法；最后一部分即第18章是系统树的可视化、注释与应用方面的内容。
　　《分子系统发生学》可作为生物学、生物技术、生态学和生物信息学专业的本科生、研究生及科研人员学习分子系统发生学的教材或参考资料。

前言
第1章 系统发生学概论
1.1 系统发生与系统发生学
1.2 系统发生关系的含义
1.2.1 表征关系
1.2.2 分支关系
1.2.3 遗传关系
1.2.4 系统发生关系
1.2.5 年代关系
1.2.6 地理分布关系
1.3 分子系统发生分析的原理和假设
1.3.1 分子系统发生分析的原理
1.3.2 分子系统发生分析的假设
1.3.3 分子数据的优点
1.4 分子系统发生学的方法论
1.5 分子系统发生学的发展历史
1.6 系统发生分析的策略与步骤
1.7 分子系统发生学的文献资源
1.7.1 分子系统发生学期刊
1.7.2 分子系统发生学领域主要专著和教科书
1.8 分子系统发生学的成就和问题

第2章 系统发生分析基础
2.1 分子进化基础
2.1.1 分子进化的动力
2.1.2 分子进化的中性理论
2.1.3 溯祖理论
2.2 系统发生分析的分类学基础
2.2.1 系统发生与分类学的关系
2.2.2 分类阶元的系统发生意义
2.3 性状和性状分析方法
2.3.1 性状的分类
2.3.2 关于性状的基本假设
2.3.3 性状进化分析方法
2.3.4 性状的加权
2.3.5 性状的同源
2.3.6 性状的同型
2.4 系统发生分析的数学基础
2.5 系统发生分析的统计学基础
2.5.1 概率分布
2.5.2 系统发生的统计学检验
2.5.3 零假设与零模型
2.5.4 常用检验方法
2.5.5 随机数据及其在系统发生中的应用
2.6 理论系统发生学
2.7 模拟系统发生研究
2.7.1 系统树的模拟
2.7.2 序列的模拟
2.7.3 系统发生模拟研究的优势
2.8 系统发生分析的算法
2.8.1 精确算法
2.8.2 启发式算法

第3章 系统树
3.1 系统树的概念和含义
3.2 系统树的要素
3.2.1 系统树的拓扑结构
3.2.2 系统树的节点
3.2.3 系统树的分枝和分枝长度
3.3 演化历史与系统树的完整性
3.4 系统树表达的信息
3.5 系统树概念和表达形式的发展
3.6 系统树的类型
3.6.1 树状图与网状图
3.6.2 有根树和无根树
3.6.3 标度树与未标度树
3.6.4 基因树和物种树
3.6.5 基础树和合一树、源树和超树
3.6.6 期望树与实际树
3.6.7 普适生命树与完全树
3.6.8 二歧树和多歧树
3.6.9 系统树的表示形式
3.7 系统树的数学描述
3.7.1 系统树各部位的名称
3.7.2 二分树及其表示方式
3.7.3 二歧树的性质
……

第4章 系统发生信息学
第5章 数据集准备与序列比对
第6章 数据集系统发生信号评估
第7章 进化模型及其选择
第8章 距离矩阵方法
第9章 简约法
第10章 最大似然法
第11章 贝叶斯系统发生推论法
第12章 系统发生网络、超树和无比对方法
第13章 系统发生假设检验
第14章 系统发生分析的可靠性与影响因素
第15章 不同类型数据的分析策略
第16章 复杂数据和困难系统发生的分析策略与方法
第17章 多源数据集分析策略和方法
第18章 系统树的可视化、注释与应用
参考文献
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