《高教六十条》就高校领导制度作出较为系统的规定：高等学校的领导制度，是党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制。高等学校的校长，是国家任命的学校行政负责人，对外代表学校，对内主持校务委员会和学校的经常工作。高等学校设立校务委员会，作为学校行政工作的集体领导组织。学校工作中的重大问题，应该由校长提交校务委员会讨论，作出决定，由校长负责组织执行。高等学校校务委员会由校长、副校长、党委书记、教育长、总务长、系主任、若干教授和其他必要人员组成。校务委员会在校长主持下，讨论和决定学校工作中的重大问题。在校务委员会闭会期间，校长可以召集行政会议，讨论和处理学校的日常行政工作。系主任在校长的领导下，主持系务委员会和系的经常工作。关于高校党组织的地位、作用和职能，有以下规定：高等学校的党委会，是中国共产党在高等学校中的基层组织，是学校工作的领导核心，对学校工作实行统一领导。高等学校中，党的领导权力应该集中在学校委员会一级，不应该分散。学校党委会的主要任务是：领导校务委员会，贯彻执行党的教育方针和其他各项方针政策；完成上级党委和行政领导机关布置的任务；做好思想政治工作；进行党的建设工作；讨论学校中的人事问题，向上级和校务委员会提出建议；领导学校的共青团、工会、学生会和其他群众组织，团结全校师生员工。学校党组织应该善于发挥学校行政组织和行政负责人的作用，不要包办代替。系的总支委员会的主要任务，是做好思想政治工作和党的建设工作；团结和教育全系人员，贯彻执行学校党委员会、校务委员会的决议，保证和监督系务委员会决议的执行和本系各项工作任务的完成。这就明确规定：校党委是学校的领导核心，校长是学校行政负责人，校务委员会是学校行政工作的集体领导组织，系实行校长领导下的系务委员会的集体领导与系主任个人负责相结合的制度，系党总支发挥对行政工作的保证和监督作用。
《高教六十条》颁布后，教育部各直属高等学校依据条例，逐步建立了党委领导下的以校长为首的校务委员会负责制。武汉大学根据条例精神，制定了《武汉大学关于校的领导制度的暂行规定》、《武汉大学关于校系职权划分的几项暂行规定》、《武汉大学关于系的领导制度的暂行规定》、《武汉大学关于教学研究室工作的暂行规定》、《武汉大学校务委员会工作条例》，、《中共武汉大学支部暂行工作条例》等主要文件。这些基本理顺了学校领导体制，强调了学校各级组织必须贯彻集体领导和分工负责相结合的原则。兰州大学根据条例规定，改组了校务委员会和系务委员会，并使两者的规模适当缩小，组织上力求健全，活动内容上予以充实。同时改进党对校务委员会的领导方法，加强两级委员会的责任感，充分发挥集体领导的作用。
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