黄宗智认为经济学家对农学的分析有三大传统，即马克思主义传统、实体主义传统、形式主义传统。马克思主义传统认为小农经济是“封建”经济的基础，其主要特点是一整套的阶级关系，因此，强调小农的阶级属性。实体主义传统，即查雅诺夫学派，把小农看作是维持生计，追求“劳动辛苦”最小化的生产者。形式主义传统，即舒尔茨学派，把小农看作和公司一样是追求经济利润最大化的理性经济人。而黄宗智对小农经济的分析，综合了三派分析的合理成分，因此，他认为中国的小农具有三种不同的面貌，首先，小农是在一定程度上直接为自家消费而生产的单位，他在生产上所做的抉择，部分地取决于家庭的需要。其次，小农也像一个追求利润的单位，因为在某种程度上他又为市场而生产，必须根据价格、供求和成本与收益来作出生产上的抉择。最后，可以把小农看作一个阶级社会和政权体系下的成员，其剩余产品被用来供应非农业部门的消费需要。同时小农的三个方面是密不可分的统一体，即小农既是一个追求利润者，又是维持生计的生产者，当然更是受剥削的耕作者，三种不同面貌，各自反映了这个统一体的一个侧面。因此，他把当时中国的农民分为三种，第一种是经济地位上升、雇佣劳动力并且有经济剩余的富农或农场主，最适合形式主义的分析方法，也就是这种农民是追求经济利润最大化的农民；第二种是为自家消费而生产的自耕农，更接近实体主义的分析方法，因此他们是追求辛苦最小化或追求成本最小化的农民；第三种是经济地位下降，在饥饿边缘挣扎、付出高额地租领取低报酬的佃、雇农，更适合马克思主义的分析方法。
关于小农落后的原因。在他的《华北的小农经济与社会变迁》中，他用“内卷化”的概念来描述这个小农经济落后的原因。“内卷化”主要有两层含义，第一，它指的是家庭农场因为耕地面积过于狭小，为了维持生活而不得不在劳动力边际回报已经降到极低的情况下继续投入劳力，以期增加小农农场总的产出；第二，则指的是发展不足的经营式农场和小农经济结合在一起，形成的一种特别顽固、难以发生质变的小农经济体系。因此，在这种情况，小农的劳动边际生产力很低，经营式农场不能通过革新式资本的投入来增加产量，因此新资本的投入只会取代劳动力的投入，而不会带来产量的大幅度提高，因而小农经济处于一种高水平陷阱中。而在《长江三角洲小农家庭与乡村发展》中，他又提出了“过密型增长”和“过密型商品化”的概念。
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