首先需要建立两岸经济议题协商的制度化安排。自2008年6月两岸两会恢复协商以来，已经形成每年举行会谈的常态化、制度化模式，以两会为主的稳定的两岸经济协商制度日益成熟，并将在此基础上形成并完善多层次的经济交流的沟通与协商制度，包括两会协商制度、政党交流制度、行业协会协商制度、专家交流制度、企业合作论坛、民间交流论坛等。海协与海基会的两会协商制度是目前两岸唯一官方正式授权的专门协商平台。国民党与共产党建立的两岸经济文化论坛平台成为海峡两岸之间一种特殊的经济协商制度。特别是国民党在野期间，这一协商制度在两岸经济合作过程中起到了两会不能起到的独特作用。行业协会协商制度是在两会商谈无法恢复的情况下，两岸双方采取的权宜性措施，对于务实解决两岸交流中迫切需要解决的问题发挥了特殊的作用。如2005年两岸在解决台商春节包机问题上创造了“澳门模式”，即由两岸行业协会组织出面，相关官员以民间行业代表或顾问身份参加，就两岸航运或包机等问题进行协商，并达成共识，然后各自分别安排。
其次是功能性议题的制度化安排，即针对两岸经济往来中某一重要问题或事项进行制度化安排。内容包括：投资保障协议、避免双重征税协议、贸易争端处理机制、产业标准的共同制定及知识产权保护等。例如两岸两会签署的《海峡两岸渔船船员劳务合作协议》、《海峡两岸农产品检疫检验合作协议》、《海峡两岸标准计量检验认证合作协议》、《海峡两岸食品安全协议》、《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》、《海峡两岸金融合作协议》等，即属于两岸经济合作功能性议题的制度化的范畴。
此外，两岸经济合作制度化还包括区域合作以及产业合作的制度化安排。区域经济合作制度化既有诸如海峡西岸经济区等大区域经济合作，也包括平潭综合实验区等某些实行特殊政策的经济特区和先行先试综合试验区的制度化建设。产业合作制度化的内容，既有目前两岸积极推动的“产业搭桥计划”的制度化安排，同时也广泛涵盖两岸农业、制造业和服务业的全面合作，如精致农业、旅游业和金融服务业等产业合作的制度化安排。
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