开皇九年（589）正月平陈，二月便撤销了淮南行台省。杨广复拜并州总管，他的三弟秦王杨俊任扬州总管四十四州诸军事，接替他镇守广陵。开皇十年（590）十一月江南乱起，杨俊收拾不了，于是又命杨广为扬州总管，已就任内史令（宰相职）的杨素为行军总管，带兵平叛。杨广配合杨素的军事行动，展开政治攻势。他们的合作，使叛乱迅速平息。
杨素这一仗打得干净利索。他从京口起，一路攻打晋陵、无锡、苏州、松江、绍兴，从余姚由海路攻温州、婺州、乐安，再从温州、天台、临海至绍兴。应召入朝述职后又请命驰还，最后再取海路攻泉州，捕高智慧，降王国庆，大获全胜，前后未逾一冬。
杨素有一套独特的带兵办法。每临阵，必要斩一批有过失的军士，少则十几个，多则百余人。与敌对阵，凡不能克敌致胜者也都杀。使将士“ 股栗”，不敢退缩，上阵都怀必死之心，勇猛异常。另一方面，杨素对部下又“微功必录”，容易得到提拔，有这点好处，贪图功名的军将们都愿意跟从他作战。即使是士卒，建军功得勋官后，可以请受勋田，改善家境。杨素恩威并用，“驭众严整”，战斗力大大超过南方叛军的乌合之众。
比如有名的“敦煌戍卒”史万岁，时任总管，在婺州杨素分兵二千，让他单独行动。史万岁率军逾岭越海，横扫浙江，攻陷溪洞不可胜数。“前后七百余战，转斗千余里，寂无声问者十旬。”人们都以为全军覆没了。史万岁因水陆阻绝，信使不通，把写好的信封在竹筒内，随水漂出，拾者报告杨素，才知他们下落。从这个故事可知杨素所部战斗力之一斑。
杨广的政治攻势也很奏效，吴郡（治今江苏苏州）士人陆知命出了很大力。《隋书·陆知命传》载：“会高智慧等作乱于江左，晋王广镇江都，以其三吴之望，召令讽谕反者。知命说下贼十七城，得其渠帅陈正绪、萧思行等三百余人。”这是一个很大的成功。
此外，《隋书·郭衍传》还记：“十年，从晋王广出镇扬州。遇江表构逆，命衍为总管，领精锐万人先屯京口。于贵州南，与贼战，败之，生擒魁帅，大获舟楫粮储，以充军实。乃讨东阳（即婺州）、永嘉（即温州）、宣城、黟、歙诸洞，尽平之。”由此可知，杨广所部亦采取了军事行动，承担了今安徽方向的平叛任务，也有可观的战绩。岭南方向的平叛，则由慕容三藏和奉诏巡抚岭南的杨广旧部裴矩，在洗夫人合作下成功。
江南之乱的迅速平定，维护了统一，打击了南方士族豪酋势力，为在南方推行隋朝政令和发展南方经济，创造了必要条件。历史表明这是南方、特别是东南地区经济新的起步和未来赶上北方的关键阶段，具有改变国土经济布局的深远影响。杨广在平陈之后，又成为平叛的主持人之一，功不可没。
这次平叛是杨广早期政治生活中又一件大事，给他本人印象很深，屡屡在书信文章中提及。除前引《与释智频书》外，在他的《宝台经藏愿文》中也说道：“至尊拯溺百王，混一四海。平陈之日，道俗无亏。而东南愚民，余熸相煽。爰受庙略，重清海滨。役不劳师，以时宁复。”其中“ 爰受庙略，重清海滨”一句，明白无误地表示着，他受到皇帝的委派。这些材料是杨广参与平叛的证明。
人们多半都忽略了杨广在平叛中的建树，似乎那是杨素一人的功劳。
杨广的这一历史功绩，又差不多被史家们有意无意地抹杀了。
魏徵在《隋书·高祖纪》中叙述此事变时，只是说“诏上柱国、内史令、越国公杨素讨平之”。同书《炀帝纪》中，也只记载：“俄而江南高智慧等相聚作乱，徙上为扬州总管、镇江都，每岁一朝。”完全不提杨广平叛的行动。如果说魏徵主编的《隋书》中，还在郭衍、陆知命传中保存了一些杨广参与平叛的材料，那么在司马光的《资治通鉴》中，这一类材料完全不见了。不仅仅是失载，司马光在杨素班师之后还录了一句“以并州总管晋王广为扬州总管，镇江都”。显然是要给人一个事平后才派杨广去扬州上任的印象。他在叙事次序上稍做手脚，就将杨广平叛的功绩抹得一千二净，比魏徵的做法更加彻底。这如果不是一个偶然的疏失，那么就是他对抱有成见的杨广有意地贬抑了。
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