西班牙殖民者通过三角贸易赚取了巨额利润，也对当地人民犯下了累累罪行。殖民期间，西班牙殖民者屠杀了1200——1500万印第安人，1545—1560年，他们每年从美洲掠夺黄金5500千克、白银246000千克。欧洲殖民者对美洲人民造成了巨大的伤害，通过贸易的方式洗劫了美洲大量的财富，是世界史上的一出悲剧。
西班牙垄断了在美洲的贸易，为了通过贸易赚取金银，西班牙政府大力发展海外贸易。为了发展海外贸易，西班牙王室、鼓励造船来增加本国商船数量，颁布航海条例对殖民地采取贸易垄断政策，只准许西班牙与殖民地通商，而且所有货物必须由西班牙船只装运，严禁其他国家与殖民地进行贸易，禁止殖民地间直接互相通商。为此，西班牙殖民政府于1503年在塞维利亚设立了直属王室的专门贸易机构——贸易专署，专管西班牙和殖民地间的一切贸易关系、制订垄断性的规章、对新大陆输入的商品征收关税。为了保护西班牙商船在大西洋海上航行的安全，打击海盗袭击和劫掳，西班牙商船建立了还建立了“双船队制”，并实行军事护航。每队商船配有军舰，由船队司令率领的前卫舰只在前导航，商船随后，后卫舰队则注意海盗从侧翼袭击，以确保船队抵达已指定的港口。
（二）西班牙在殖民地的贸易
西班牙船队运往美洲的货物有供应殖民者所用的奢侈品和生活必需品，如面粉、油、酒等，还有一些价值不大的钮扣、花边、天鹅绒、丝袜、纸、玻璃珠以及宗教书籍，以及为了生产白银所需要的大量水银。西班牙的殖民贸易在当时还形成一种特殊的贸易形式：西班牙船队抵达殖民地之后，会在指定的地点和城市组织起大集市。集市吸引来四面八方成千上万的印第安人，他们带来土特产品，如糖、兰靛、腌肉、皮革、香兰果、坎佩切的木料、塔巴斯科的胡椒、瓦哈卡产的受人们珍视的染料等。西班牙与美洲贸易一直保持着十分迅猛的发展速度，从事贸易的船舶吨位在1500年前后总计三四千吨。1565年，增加到一万五千吨。1608年达到顶点，船舶吨位一跃到四万五千吨。
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