2.内部治理结构不完善一是会议制度执行不到位。大部分商会制订了会议制度并能够按照章程规定召开会员大会、理事会等会议，但召开理事会、常务理事会、会员代表大会或对重大问题进行表决时，在履行程序的细节上有很多不规范的地方。有的商会制度缺乏可行性或有制度不执行，工作随意性大，没有真正树立起用制度规范商会运行的观念，商会管理运作主要是会长个人说了算。二是商会日常管理制度不健全。据全国工商联对3456家行业商会进行的问卷调查表明，没有建立财务管理制度的占28%，没有建立印章管理制度的占46%，没有建立人事管理制度的占79%，没有建立会费收缴制度的占36%，商会工作还缺乏制度保障。三是商会内部组织稳定性差。有的商会换届选举民主程度不高。没有选举办法或选举办法不规范，人选条件不明确，特别是会长和秘书长人选的产生没有经过民主提名程序，没有进行充分酝酿和广泛征求意见，影响了商会领导班子的公信力。有的商会随意增减领导班子成员，有的成立半年就更换会长、副会长或秘书长。四是商会党建工作还需进一步探索。据工商联抽样调查显示，商会会员中的党员数占商会会员数的11.7%，专职工作人员中的党员数占专职工作人员数的60.1%.组织关系在商会的人员占总党员数的86.5%。从调查的402家行业商会数据看，建立党组织的企业占11.6%，行业商会党组织建立的比例还比较低，覆盖面还不够广，党员先锋模范作用的发挥还不够明显。
3.商会功能比较薄弱、独立性不够随着会员企业的发展，对商会的要求越来越高，但总体来看，由于受到职能、经费和人员结构的制约，商会为会员服务的面比较窄，多数商会服务会员手段不多、载体不够、内容不实，对企业经营发展帮助不大，没有形成有影响的活动品牌，在促进转型升级、服务中小企业方面没有发挥出应有作用，会员参与度低，自律、协调功能难以发挥，在企业中的影响力还不够，甚至出现活动萎缩的趋势。同时，由于有的地方政府管得过多、干预过多，以及一些商会负责人“争取政府资源”、“宁找市长不找市场”等传统思维根深蒂固，商会的独立性还不够，代表企业利益不够，往往成为政府部门的附庸，难以发挥沟通政府与企业的桥梁作用，在企业或行业中的公信力受到很大影响。
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