开展建设项目竣工环境保护设施验收的环境保护主管部门，一般为审批该建设项目环境影响评价文件的环境保护主管部门。1989年《环境保护法》第26条明确规定由原审批环境影响报告书的环境保护主管部门开展建设项目竣工环境保护设施验收。2014年修订的《环境保护法》在删掉“验收”二字的同时自然也同时删掉了有关开展环境保护设施验收的机关的规定，为将来行政体制改革提供了空间。就危险废物而言，开展环境保护设施研究的机关应当是原审批该建设项目环境影响评价文件的环境保护主管部门，其依据是《固体废物污染环境防治法》第14条规定的如下规定：“固体废物污染环境防治设施必须经原审批环境影响评价文件的环境保护行政主管部门验收合格后，该建设项目方可投人生产或者使用”。
环境保护部及其前身原国家环境保护总局已经制定了16项环保竣工验收技术规范。其中与危险废物相关的主要包括《建设项目竣工环境保护验收技术规范石油天然气开采》（HJ612—2011）、《建设项目竣工环境保护验收技术规范石油炼制》（HJ／T405—2007）、《建设项目竣工环境保护验收技术规范黑色金属冶炼及压延加工》（HJ／T404—2007）等。
对于完成验收工作的期限，《建设项目环境保护管理条例》第22条规定，环境保护行政主管部门应当自收到环境保护设施竣工验收申请之口起30日内，完成验收。需要注意的是，该30日期限是环境保护行政主管部门的审批期限。在审批前，负责竣工验收的环保部门应组织验收组（或验收委员会）对建设项目的环境保护设施及其他环境保护措施进行现场检查和审议。验收组（或验收委员会）进行现场检查所需时间不包含在竣工验收审批期限。
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