《制度环境、官员治理与企业创新》的工作至少可以分为两个层面：第1个层面是，试图在通盘考虑制度环境和腐败两类因素的基础上，从产出层面考察这两大因素对企业创新的影响效应，以综合视点梳理出“制度环境一腐败一企业创新”的链条效应，从而较为全面地分析制度环境和腐败为何会影响到企业创新，并考虑在制度环境的情况下腐败与企业创新之间的关联性。另一个层面是，引入中国宏观、微观和调查数据对由机理分析所推导出的若干命题进行实证研究，以寻找来自中国的经验证据，并试图找寻中国企业创新的激励因素。这对把握中国企业的创新行为，进而合理引导企业乃至整个产业的转型升级有着非常重要的意义。
首先，《制度环境、官员治理与企业创新》从理论上分析了制度环境作用于企业创新的机理。该机理袁明制度环境决定了不同类型经济活动所提供的激励结构。理性的企业家会根据经济体中的经济环境来权衡各种经济活动的收益与成本，从而选择自身利益的活动作为对现有制度环境的一种回应。其次，分析了腐败作用于企业创新的机理。该机制表明，在正式制度并未完全确立的经济体中，适度的寻租、贿赂等腐败活动虽然增加了企业创新的交易成本，但它有助于企业规避官僚体制中的繁文缛节。正如拍卖机制一样，建立在适度贿赂基础上的许可证授予和官方授权能够实现相关资源配置的帕累托次优。更为重要的是，企业创新成果非排他性和非竞争性使得处在正式制度缺位经济体中的企业亟需通过适当贿赂等腐败活动寻求“政府庇护”以防止创新成果收益的侵蚀。然而，更高额度的贿赂则既有可能扭曲了资源配置，同时又增加了企业创新的交易成本。再加上，建立在更高额度贿赂等腐败活动基础上的承诺并没有强制执行的法律基础，这使得更高水平的腐败活动带有事后机会主义和随意性。这显然增加了企业创新所面临的风险，抑制了企业创新的动力。
最后，我们还从理论上分析了制度环境与腐败之间的关系。相关理论表明：一方面，良好的制度环境提高了腐败的交易成本，为经济活动的正常开展提供了有章可循的依据，此时以寻租、贿赂等为典型特征的腐败活动只会破坏经济活动的正常规则，限制经济自由。另一方面，当制度环境限制经济自由时，腐败则可以帮助企业家规避繁琐的规则，提高经济运行的效率。
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