这一时期，投资者合法权益的法律保护得到重视，法律保护既关注信息披露等外部制度建设，也关注上市公司自身的治理，董事会的重要性和独立性得到重视。但总体来看，这一时期的立法并关注控制性股东的超控制权收益问题，因而没有对控股股东和小股东区别对待，忽视了他们之间的利益冲突，没有赋予小股东相应的话语权，也没有规范董事、监事、控股股东对小股东应承担的义务，缺乏对小股东的法律救济制度。
（四）第四阶段：2006年至今
2006年修订了《公司法》和《证券法》，对控股股东的超控制权收益问题开始有了正式的立法规制。
新《公司法》引入公司法人人格否认制度，规定“公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任”。
增加了股东诉讼的规定，“董事、高级管理人员执行职务违反法律、行政法规、公司章程的规定，给公司造成损失的，股东可以请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事提起诉讼。监事给公司造成损失的，股东可以请求董事会（或者执行董事）提起诉讼。监事会、监事、董事会、执行董事拒绝提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害等情况下，股东可以直接提起诉讼。董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以提起诉讼”。
新《公司法》也对关联交易行为作出严格的规范，并引入表决权回避制度。“公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员及其他人不得利用其关联关系侵占公司利益。
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