3 专横的军部、凑合的大本营
陆军省、海军省、参谋本部、军令部
所谓陆海军中央即指日本内阁的陆军省、海军省与陆军的参谋本部、海军的军令部。
“军部”的说法有一些复杂的背景。中性地理解，军部就是军事机关，在特指高级军事机关时就与陆海军中央的概念等同了。日本历史学者井上清等认为“军部”是一个政治概念，旧日本陆军造出“军部”这个称谓是军国主义猖獗的体现，一是军部（机关）被视同与国家行政机构并列，一是表明军队、特别是统帅机关是可以影响国家行为的政治势力。由于陆军力量明显强过海军，在某些场合军部也特指陆军中央。
1871年8月日本在废藩置县的政治改革中解散了各藩常备兵，设立东京镇台、大阪镇台、镇西镇台、东北镇台与军管区，是为日本陆军之开始。日本海军则以1872年内阁兵部省分为陆军省、海军省为发轫点。陆军省、海军省长官原称陆军卿、海军卿，1885年正名为大臣，日本历史上首任陆军大臣大山岩、海军大臣西乡从道在这一年的12月22日就职。
1878年陆军的军令职能从陆军省划出、成立参谋本部，首任参谋总长山县有朋。参谋本部直属天皇，成为统帅权独立于内阁的标志，形成军队与政府的二元结构，战略目标从关注镇压内乱转到对外战争。
海军亦追随陆军于1889年设海军参谋部执掌军令职能，1893年改称海军军令部。但参谋本部并不冠以“陆军”，陆军认为他代表国家的军队，参谋本部是日本国的参谋本部。海军也要求获得这一权利，为此而奋斗40年。1933年10月1日起海军军令部摘掉“海军”的帽子，时任海军军令部长伏见宫博恭王改称军令部总长，名义上与实际上都与陆军平起平坐，又形成了陆军与海军的二元结构，是日本国家制度下的怪胎。
管理军政事务的陆海军大臣同其他国务大臣一起辅弼天皇，负责军队预算、动员、装备、物资。1913年山本权兵卫内阁变更旧制，陆海军大臣须由非现役军人担任，但这一安排并未导向文官领军制度。到了全面战争的前夜——1936年二二六事件后广田弘毅内阁恢复了现役军人担任陆海军大臣制度，后果是军队实力正式插进内阁，而打仗的事内阁却无权过问。担任军令职能的参谋总长、军令部总长是天皇的部下。陆海军大臣与总长同为军人，因为职责、身份不同又非上下级并无矛盾，大臣与总长倒是可以联合起来对付内阁！最直接的影响是组阁，如果大臣与总长一合计扬言不当大臣了、或者不能推举新大臣，内阁就只能倒台。1940年7月陆军认为米内光政内阁阻碍了日本与德国的合作，商定由畑俊六陆相提出辞职，于是米内光政内阁倒台、近卫文麿奉命组阁，陆军再推东条英机任陆军大臣。
太平洋战争初日军攻打荷属帝汶岛，澳荷守军失败撤退至葡属东帝汶，日本当局不顾葡萄牙中立国地位，决定进入东帝汶消灭澳荷军。但作战终了后日军是否退出葡属领地呢？海军强烈主张日军留驻葡属东帝汶，认为葡属东帝汶的帝力可作为进攻澳大利亚达尔文港的前进基地。在内阁与军部联席会议上，首相东条英机希望日军作战结束后应撤出以尊重葡萄牙当局之中立，遭到军令部总长永野修身反对。东条声明若发生外交纠纷有违内阁辅弼政务之责，永野则说作战目标不能实现有违军队辅弼统帅之责，他们说的辅弼对象其实都是天皇一人。各方相持不下，东条英机只好表态请天皇决定。
日本高层决策投降过程有一桩涉及内阁与军部关系的疑案。广岛原子弹爆炸、苏联发起远东战役后，日本最高当局研判《波茨坦公告》，陆军大臣阿南惟几坚决反对无条件投降（当然，按他的有条件投降涵义盟国是不可能同意的）。但是在天皇8月10日“圣断”接受《波茨坦公告》后，阿南惟几毕竟没有提出辞职。8月14日晚阿南惟几在天皇《终战诏书》署名，23时后专门拜访首相，铃木贯太郎完全知悉阿南惟几是来告别的。15日凌晨，阿南惟几赶在诏书广播前自杀。若阿南惟几辞职、则内阁将垮台，或者阿南惟几拒绝副署天皇诏书、则天皇诏书不能生效。因此有人怀疑他与铃木首相演双簧，可能还有天皇的授意（阿南惟几曾任侍从武官4年）：如果“六巨头”（首相、外相、陆相、海相、两总长）中竟无人反对投降，可能招致军队与民众对内阁、军部的不满，因而引发国内骚乱。
战时历任陆军首脑是：陆军大臣杉山元（1937.2）、板垣征四郎（1938.6）、畑俊六（1939.8）、东条英机（1940.7）、杉山元（1944.7）、阿南惟几（1945.4），参谋总长闲院宫载仁亲王（1931.12）、杉山元（1940.10）、东条英机（1944.2，首相兼陆军大臣兼）、梅津美治郎（1944.7）。
历任海军首脑是：海军大臣米内光政（1937.2）、吉田善吾（1939.8）、及川古志郎（1940.9）、岛田繁太郎（1941.10）、野村直邦（1944.7.17）、米内光政（1944.7.22），军令部总长伏见宫博恭亲王（1932.2）、永野修身（1941.4）、岛田繁太郎（1944.2，海军大臣兼）、及川古志郎（1944.8）、丰田副武（1945.5）。
陆军大臣板垣征四郎、东条英机与海军大臣米内光政、吉田善吾初任职是中将，其他都是大将。
1898年日本设元帅府，由天皇选任资深陆海军大将颁赐元帅荣誉封号。1903年设军事参议院，由天皇任命元帅、陆海军首脑、在籍大将、中将为军事参议官以备咨询。实际上，重臣、皇族将领也是天皇咨询对象，这些叠床架屋的机构没有起到多大作用，特别是军事参议官成为赋闲休息之职。
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