第二，深化农村信用社改革与探索建立新型农村金融机构。农村信用社自20世纪50年代建立以来，对促进农村经济发展发挥了重要作用。从1980年开始，农村信用社围绕如何办成真正的合作金融组织进行了数次改革，取得了一定的成效。但无论是在自身建设，还是在适应为“三农”服务要求等方面，信用社都还存在着不少问题，主要是：产权不明晰，法人治理结构不完善，经营机制和内控制度不健全；管理体制不顺，管理职权和责任需要进一步明确；历史包袱沉重，资产质量差，经营困难，潜在风险仍然很大。
2000年，经国务院同意，江苏省开始实行农村信用社改革试点，拉开了农村信用社深化改革的序幕。2003年6月，国务院印发《深化农村信用社改革试点方案》，提出要以服务农业、农村和农民为宗旨，按照“明晰产权关系、强化约束机制、增强服务功能、国家适当支持、地方政府负责”的总体要求，加快信用社管理体制和产权制度改革，把信用社逐步办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农民、农业和农村经济发展服务的社区性地方金融机构，实现自主经营、自我约束、自我发展、自担风险。从2003年下半年开始，浙江等8个省（市）实施农村信用社改革试点，此后改革逐步推及全国。
这次改革是在管理体制、产权模式和组织形式等方面的一次全面改革，主要内容包括三个方面：一是改革农村信用社的产权制度，明确产权关系，完善法人治理结构，转换经营机制；二是改革农村信用社的管理体制，将农村信用社的管理交由省级政府负责，明确由银监会依法行使对农村信用社的金融监管职能；三是消化农村信用社的历史包袱，国家在资金、财税、利率等多方面给予农村信用社政策扶持。
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