《中医古籍必读经典系列丛书：新修本草》分三部分文献记载，即《本草》、《巧图》、《图经》三部分。据多数文献记载以上三部分共五十四卷：《本草》二十卷，除序例外，以玉石、草木、兽禽、虫鱼、果菜、米谷等分类，收载药物850种（《中医古籍必读经典系列丛书：新修本草》编号853种而不是850种，根据尚志钧本说明：“496石密”与“583石密”是同名异物，故增一序码；在有名无用类中“736北荇华”和“795领灰”原非卷子本《唐本草》所有，是从《千金翼方》补入，又增工序码）。

唐·新修本草序卷第一 
孔志约序 
梁·陶隐居序 
合药分剂料理法 
唐·新修本草例卷第二 
诸病通用药 
解毒 
服药食忌例 
凡药不宜人汤酒者 
畏恶七情表 
药对岁物药品 
唐·新修本草玉石等部上品卷第三 
[1]玉泉 
[2]玉屑 
[3]丹砂 
[4]空青 
[5]绿青 
[6]曾青 
[7]白青 
[8]扁青 
[9]石胆 
[10]云母 
[11]石钟乳 
[12]朴硝 
[13]硝石 
[14]芒硝 
[15]矾石 
[16]滑石 
[17]紫石英 
[18]白石英 
[19]青石、赤石、黄石、白石、黑石脂等 
[20]太一禹余粮 
[21]石中黄子（新附） 
…… 
唐·新修本草玉石等部中品卷第四 
唐·新修本草玉石等部下品卷第五 
唐·新修本草草部上品之上卷第六 
唐·新修本草草部上品之下卷第七 
唐·新修本草草部中品之上卷第八 
唐·新修本草草部中品之下卷第九 
唐·新修本草草部下品之上卷第十 
唐·新修本草草部下品之下卷第十一 
唐·新修本草木部上品卷第十二 
唐·新修本草木部上品卷第十三 
唐·新修本草木部下品卷第十四 
唐·新修本草兽禽部卷第十五 
唐·新修本草虫鱼部卷第十六 
唐·新修本草果部卷第十七 
唐·新修本草菜部卷第十八 
唐·新修本草米部卷第十九 
唐·新修本草有名无用卷第二十