综上所述，尽管我国在土壤微生物多样性及其生态功能研究方面取得了一定的成就，但总体来看，我国在土壤微生物生态学领域的研究与国际水平还有一定差距（He等，2009b;Zhao等，2011）。尽管土壤微生物生态学的研究得到迅速发展，研究项目大幅度增多，分子生物学技术得到广泛应用，但我们研究的深度还不够，大多研究是基于土壤微生物群落多样性及其变化的描述性研究，未能将土壤微生物多样性与土壤系统过程和功能联系起来；研究的系统性还不够，研究课题分散且缺乏连续性，不能形成体系，缺乏较大尺度的比较和综合分析，因而所得结论具有较大的“点”上的限制；研究的理论性还不够，很多研究缺乏理论设计，不能将所得结果用于检验和丰富土壤微生物生态学理论。这些都在一定程度上限制了我国土壤微生物生态学的发展和进一步提高。为此，我们需要在较大时空尺度上形成有组织的系统研究，推动我国土壤微生物生态学走向国际前列。
今后我国土壤微生物生态学的发展应以新技术新方法为手段，瞄准国际微生物学发展的前沿和热点，结合我国可持续农业发展、资源环境保护和全球变化研究的重大需求，重点开展以下几方面的研究。第一，需要利用我国土壤资源丰富的优势，广泛收集我国不同典型生态系统的土壤样品，建立土壤微生物基因组样品资源库，为长期时空尺度上监测土壤微生物对环境条件变化的响应特征和适应机制提供可能。第二，需要重点考察土壤微生物的遗传多样性和功能多样性的空间分布特征，探讨土壤微生物的地理分布格局及其形成机制，探讨宏观生态学理论，如生态位理论、中性理论和生态代谢理论，在微生物生态学领域的适用性，为微生物生态学理论框架的建立提供依据（贺纪正和葛源，2008）。第三，鉴于土壤微生物在调控生物地球化学过程和维持生态系统功能方面的重要作用，要加强对其区系和空间分异规律、空间分布格局及形成机制的认识，对这些机制的认识将帮助人们更好地预测微生物群落结构和多样性对各种环境变化（如全球气候变化、土地利用方式改变和各种人为扰动等）的可能响应，进而制订更有效的管理措施和对策。第四，高通量DNA测序技术的快速发展，为培养微生物的遗传组成和生命活动提供了技术支持，宏基因组学和宏转录组学仍将是未来土壤微生物生态学领域一个极为重要的学科“生长点”，这些技术结合稳定性同位素探针技术（SIP）和纳米级二级离子质谱分析技术（NanoSIMS）的应用，为揭示土壤微生物多样性与功能提供了有力手段，它们的应用需要紧紧围绕对土壤这样一个高度异质非均相复杂系统生物地球化学过程与机理的阐释，特别是重要生命元素碳、氮、铁、硫等元素循环转化机理及其耦合过程的认识，为土壤相关宏观过程调节和宏观管理措施制定提供依据（贺纪正和张丽梅，2011）。
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